Abstract:
Το Έργο θα εκτελεστεί ως εξής:
- Υποέργο 1: Νέα Υπολογιστικά Εργαλεία Συστημικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής στη Μελέτη της Δυναμικής της Κυτταρικής Γήρανσης.
- Υποέργο 2: Προμήθεια Υλικών Άμεσης Ανάλωσης.
Σκοπός:
- η μελέτη των γονιδίων, πρωτεϊνών, αλληλεπιδράσεων και μηχανισμών που μετέχουν και ελέγχουν τη διαδικασία της κυτταρικής γήρανσης. Η γήρανση είναι μια προοδευτική, φυσιολογική διαδικασία που επηρεάζεται από γενετικούς και περιβαλλοντικούς παράγοντες και ελέγχεται από πολλούς ακόμη αδιευκρίνιστους μηχανισμούς.
- Θα αναπτυχθούν νέα εργαλεία βιοπληροφορικής και προσεγγίσεις συστημικής βιολογίας για τη δυναμική μελέτη της γήρανσης και την αποκρυπτογράφηση των μηχανισμών που τη διέπουν.
- Θα εφαρμοστεί μία ολιστική προσέγγιση που συνδυάζει πειράματα γονιδιωματικής, πρωτεομικής και φωσφο -πρωτεομικής με τεχνικές μοντελοποίησης και
- θα αναπτυχθούν νέες υπολογιστικές μεθοδολογίες για την ανάλυση δεδομένων πειραμάτων υψηλής τροφοδοσίας/απόδοσης (high throughput) χρησιμοποιώντας αμφίδρομες προσεγγίσεις (top-down και bottom-up).
Στόχοι:
- Δυναμική μελέτη της κυτταρικής γήρανσης σε δύο in vitro μοντέλα (αναδιπλασιαστική και πρώιμη γήρανση επαγόμενη από στρες).
- Αποκάλυψη γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων και δικτύων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων για τη διαλεύκανση των μηχανισμών γήρανσης.
- Μοντελοποίηση της διαδικασίας γήρανσης μέσω υπολογιστικών μεθόδων.
- Προσδιορισμός βιο-δεικτών (μόρια ή δίκτυα μορίων) που ελέγχουν τη διαδικασία της γήρανσης.
- Δημιουργία ποσοτικοποιημένου μοντέλου του φαινομένου της γήρανσης.
- Σχεδίαση βάσης δεδομένων.
- Επαλήθευση των αποτελεσμάτων του μοντέλου και σε επίπεδο οργανισμού.
Στο πλαίσιο της πράξης θα εκτελεστούν οι ακόλουθες 4 Δράσεις:
- Διενέργεια βιολογικών πειραμάτων μελέτης μηχανισμού αναδιπλασιαστικής και πρώιμης γήρανσης.
- Βιοπληροφορική ανάλυση γονιδιωματικών/μεταγραφομικών και φωσφο- πρωτεομικών δεδομένων.
- Πειραματική αξιολόγηση υπολογιστικών αναλύσεων.
- Διαχείριση, αξιολόγηση και διάχυση αποτελεσμάτων.