Νέα υπολογιστικά εργαλεία συστημικής βιολογίας και βιοπληροφορικής στη μελέτη της δυναμικής της κυτταρικής γήρανσης

Το Έργο θα εκτελεστεί ως εξής:

• Υποέργο 1: Νέα Υπολογιστικά Εργαλεία Συστημικής Βιολογίας και Βιοπληροφορικής στη Μελέτη της Δυναμικής της Κυτταρικής Γήρανσης.
• Υποέργο 2: Προμήθεια Υλικών Άμεσης Ανάλωσης.

Σκοπός:

• η μελέτη των γονιδίων, πρωτεϊνών, αλληλεπιδράσεων και μηχανισμών που μετέχουν και ελέγχουν τη διαδικασία της κυτταρικής γήρανσης. Η γήρανση είναι μια προοδευτική, φυσιολογική διαδικασία που επηρεάζεται από γενετικούς και περιβαλλοντικούς παράγοντες και ελέγχεται από πολλούς ακόμη αδιευκρίνιστους μηχανισμούς.
• Θα αναπτυχθούν νέα εργαλεία βιοπληροφορικής και προσεγγίσεις συστημικής βιολογίας για τη δυναμική μελέτη της γήρανσης και την αποκρυπτογράφηση των μηχανισμών που τη διέπουν.
• Θα εφαρμοστεί μία ολιστική προσέγγιση που συνδυάζει πειράματα γονιδιωματικής, πρωτεομικής και φωσφο -πρωτεομικής με τεχνικές μοντελοποίησης και
• θα αναπτυχθούν νέες υπολογιστικές μεθοδολογίες για την ανάλυση δεδομένων πειραμάτων υψηλής τροφοδοσίας/απόδοσης (high throughput) χρησιμοποιώντας αμφίδρομες προσεγγίσεις (top-down και bottom-up).

Στόχοι:

1. Δυναμική μελέτη της κυτταρικής γήρανσης σε δύο in vitro μοντέλα (αναδιπλασιαστική και πρώιμη γήρανση επαγόμενη από στρες).
2. Αποκάλυψη γονιδιακών ρυθμιστικών δικτύων και δικτύων πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων για τη διαλεύκανση των μηχανισμών γήρανσης.
3. Μοντελοποίηση της διαδικασίας γήρανσης μέσω υπολογιστικών μεθόδων.
4. Προσδιορισμός βιο-δεικτών (μόρια ή δίκτυα μορίων) που ελέγχουν τη διαδικασία της γήρανσης.
5. Δημιουργία ποσοτικοποιημένου μοντέλου του φαινομένου της γήρανσης.
6. Σχεδίαση βάσης δεδομένων.
7. Επαλήθευση των αποτελεσμάτων του μοντέλου και σε επίπεδο οργανισμού.

Στο πλαίσιο της πράξης θα εκτελεστούν οι ακόλουθες 4 Δράσεις:

1. Διενέργεια βιολογικών πειραμάτων μελέτης μηχανισμού αναδιπλασιαστικής και πρώιμης γήρανσης.
2. Βιοπληροφορική ανάλυση γονιδιωματικών/μεταγραφομικών και φωσφο- πρωτεομικών δεδομένων.
3. Πειραματική αξιολόγηση υπολογιστικών αναλύσεων.
4. Διαχείριση, αξιολόγηση και διάχυση αποτελεσμάτων.